Die Marienschlucht liegt auf der ehemaligen Sondergemarkung Kargegg und ist im Besitz des Grafen von und zu Bodman. Die Schlucht wurde 1897 begehbar gemacht. In dieser Zeit blühte in Bodman bereits der Fremdenverkehr. Der Freiherr Johann Franz von Bodman vermerkte damals in seinem Tagebuch: „Unsere schöne Gegend wurde durch eine weitere Merkwürdigkeit bereichert.“ Die Erschließung der Schlucht geschah, als sich dessen Sohn Othmar mit der Gräfin von Walderdorff verlobte. Die neu eröffnete Schlucht wurde nach dem Vornamen der Braut Maria-Schlucht benannt. Später hat sich der Name Marienschlucht eingebürgert.

Am Ausgang der Schlucht wurde gleichzeitig im Überlinger See ein Landesteg angebracht, so dass Dampfschiffe direkt vor der Schlucht anlegen konnten. Dieser Landeplatz wird seither von der Motorbootgesellschaft Bodman mbH fahrplanmäßig angefahren.
Bereits einige Jahre vor dem ersten Weltkrieg wurde am Eingang zur Schlucht eine Wirtschaft betrieben. Auch heute noch lädt im Sommer ein kleiner Kiosk die Wanderer und Ausflügler zur Rast ein.
Immer wieder wurden im Laufe der Jahre Renovierungsarbeiten notwendig. Bei starken Regenfällen wurden durch große Wassermassen, die Geröll und manchmal auch ganze Baumstämme mit sich führten, die Stege stark beschädigt. Unterstützt wurde die gräfliche Forstverwaltung oft vom Technischen Hilfswerk und von Soldaten aber auch von den umliegenden Gemeinden.

Seit der großen Renovierung im Jahr 1978 kann die Marienschlucht auch von Kindern und älteren Leuten gefahrlos begangen werden. Die letzte Renovierung fand erst im Jahr 2000 statt. Offiziell eröffnet wurde sie im Mai 2001 durch Verkehrsminister Döring.

Im Jahr 1986 ließ Wilderich Graf von und zu Bodman durch den Radolfzeller Künstler Markus Daum am Schluchteingang von der Seeseite aus ein Marienrelief anfertigen und anbringen.

Die gräfliche Forstverwaltung führte bereits Zählungen durch. Dabei kam sie auf 150.000 Besucher pro Jahr. Damit zählt die malerisch gelegene Schlucht, die sich bis 100 m tief in das Molassegestein eingearbeitet hat, zu den beliebtesten Ausflugszielen auf dem Bodanrück.

Nach einem Erdrutsch im Jahr 2015, bei dem eine Wanderin verunglückte und der Steg zerstört wurde, musste die Marienschlucht gesperrt werden. Die Wiedereröffnung erfolgt seit 2020 Stück für Stück, über den Neubau einer Schiffsanlegestelle und Teilöffnung des Uferwegs. Der neue Steg durch die Schlucht wird jedoch zu einem Millionenprojekt, das unter höchsten Sicherheitsmaßnahmen in den Jahren nach 2023 umgesetzt werden soll.